Het CWTe wordt bestuurd door de directeur van het CWTe in combinatie met het CWTe strategy board. Zij leggen verantwoording af aan het afdelingsbestuur van de faculteit Elektrotechniek van de Technische Universiteit Eindhoven.

Het CWTe strategy board bestaat uit de hoogleraren van alle TU/e onderzoeksgroepen die samenwerken binnen het CWTe. Alle strategische besluiten worden door het strategy board genomen.

Daarnaast bestaat er voor ieder onderzoeksprogramma een program board dat bestaat uit representanten van het CWTe en van de strategische-, research- en projektpartners die samenwerken binnen het speficieke programma. Het program board is verantwoordelijk voor het definieren van nieuwe projekten binnen het kader van het programma aan de hand van de roadmap, en het bijhouden en aanpassen van de roadmap.